PB2 (TRIG)
()* +,-./0
&'%
location
%$genotype 1 genotype 2 genotype 3 genotype 4 genotype 5 genotype 10 genotype 11
1
genotype 13 pdm Asia USA/Canda
1
1
A-swine-Mexico-AVX-30-2012-H1N1--2012-09-14--Me x A-swine-Mexico-AVX-32-2012-H1N1--2012-10-18--Me x A-swine--Mexico-SG1444-2011-EPI-ISL-151163--2011-10-21--Me x
0.95
1
1
1
0.82
A-swine-Mexico-AVX-47-2013-H1N1--2013-01-08--Me x A-swine-Mexico-AVX-64-2014-H3N2--2014-06-05--Me x
1 1
0.99
!"#
1
1
!"#$%&'"&()&"*(+,%-(./0(123( 0.96
.44526(7(.44824(
0.83
1 1 1
A-swine-Mexico-AVX-46-2012-H1N1--2012-12-19 A-swine-Mexico-AVX-45-2012-H1N1--2012-12-19 A-swine-Mexico-AVX-44-2012-H1N1--2012-11-26 A-swine-Mexico-AVX-39-2012-H1N1--2012-11-15 A-swine-Mexico-AVX-43-2012-H1N1--2012-11-26 1 A-swine-Mexico-AVX-27-2012-H1N1--2012-08-02 A-swine-Mexico-AVX-62-2014-H1N1--2014-01-14 A-swine-Mexico-AVX-40-2012-H1N1--2012-11-15 A-swine-Mexico-AVX-63-2014-H1N1--2014-04-25 A-swine-Mexico-AVX-42-2012-H1N1--2012-11-26 1 A-swine-Mexico-AVX-24-2012-H1N1--2012-04-03 A-s wine-Me x ico- A VX -20-2012-H?--2012-06-03 A-swine-Mexico-AVX-12-2012-H1N1--2012-03-30 0.98 A-swine-Mexico-AVX-14-2012-H3N2--2012-01-26 A-swine-Mexico-AVX-57-2013-H3N2--2013-06-21 A-swine-Mexico-AVX-60-2013-H3N2--2013-09-30 1 A-swine-Mexico-AVX-41-2012-H1N1--2012-11-15 A-swine-Mexico-AVX-36-2012-H3N2--2012-11-08 1 A-swine-Mexico-AVX-35-2012-H3N2--2012-11-08 A-swine-Mexico-AVX-38-2012-H3N2--2012-11-08 A -swine-Mexico-AVX-37-2012-H3N2--2012-11-08 1 A-swine-Mexico-AVX-54-2013-H1N1--2013-05-30 1 A-swine-Mexico-AVX-53-2013-H3N2--2013-05-29 A-swine-Mexico-AVX-11-2012-H1N1--2012-03-13 A-swine-Mexico-AVX-6-2011-H1N2--2011-03-18 A-swine-Mexico-AVX-17-2011-H1N2--2011-03-18 A-swine-Mexico-AVX-5-2011-H1N2--2011-03-18 1A - s w i n e - M e x i c o - A V X - 7 - 2 0 1 1 - H 1 N 2 - - 2 0 1 1 - 0 3 - 1 8 A-swine-Mexico-AVX-8-2011-H1N2--2011-03-18 wine-Mexico-AVX-3-2011-H1N1--2011-03-18 1A - s w i nAe- s- M exico-AVX-9-2010-H1N1--2010-03-25--Me x A-swine-Mexico-AVX-26-2012-H1N2--2012-06-22 1A -swine-Mexico-AVX-19-2012-H3N2--2012-06-22 ico-AVX-4-2011-H1N2--2011-03-18 1A - s w i nAe--sMwei nx e -Mexico-AVX-16-2012-H1N2--2012-04-03 A-swine-Mexico-AVX-13-2012-H3N2--2012-01-05
1
1
1
1 1
1
1
0.91
2 00 0
20 05
2 01 0
2015
!"# $%&'() 1
#/.
locat ion
-.
genotype 1 genotype 2 genotype 3
1
genotype 4 genotype 5 genotype 10 genotype 11 genotype 13 pdm 0.98
Asia USA/Canda
0.98 A-swine-Mexico-AVX-47-2013-H1N1--2013-01-08--Mex-Puebla A-swine-Mexico-AVX-64-2014-H3N2--2014-06-05--Mex-Puebla
1
1
A-swine-Mexico-SG1444-2011-H3N2--EPI-ISL-151163--2011-10-21--Mex A-swine-Mexico-AVX-30-2012-H1N1--2012-09-14--Mex-Sonora A-swine-Mexico-AVX-32-2012-H1N1--2012-10-18--Mex-Sonora
0.93
1
1
1
1
*+,
!"#$%&'"&()&"*(+,%-(./0(.12 322214(5(32.31.(
A-swine-Mexico-AVX-43-2012-H1N1--2012-11-26--Mex-Guanajuato A-swine-Mexico-AVX-46-2012-H1N1--2012-12-19--Mex-Guanajuato A-swine-Mexico-AVX-45-2012-H1N1--2012-12-19--Mex-Guanajuato A-swine-Mexico-AVX-39-2012-H1N1--2012-11-15--Mex-Guanajuato 1 A-swine-Mexico-AVX-44-2012-H1N1--2012-11-26--Mex-Guanajuato A-swine-Mexico-AVX-27-2012-H1N1--2012-08-02--Mex-Guanajuato
0.96
1
1
0.97
1
1
1
1
1
1 0.95 1
1
1 1
!"#$%&'"&()&"*(+,%-(./0(2144 .6671.(5(322819( 1
2000
2005
1
A-swine-Mexico-AVX-23-2012-H1N1--2012-03-30--Mex-Jalisco A-swine-Mexico-AVX-62-2014-H1N1--2014-01-14--Mex-Jalisco A-swine-Mexico-AVX-24-2012-H1N1--2012-04-03--Mex-Jalisco A-swine-Mexico-AVX-12-2012-H1N1--2012-03-30--Mex-Jalisco A-swine-Mexico-AVX-63-2014-H1N1--2014-04-25--Mex-Jalisco A-swine-Mexico-AVX-41-2012-H1N1--2012-11-15--Mex-Jalisco 1 A-swine-Mexico-AVX-42-2012-H1N1--2012-11-26--Mex-Jalisco A-swine-Mexico-AVX-60-2013-H3N2--2013-09-30--Mex-Jalisco 1 A-swine-Mexico-AVX-57-2013-H3N2--2013-06-21--Mex-Yucatan 1 A-swine-Mexico-AVX-14-2012-H3N2--2012-01-26--Mex-Jalisco A-swine-Mexico-AVX-40-2012-H1N1--2012-11-15--Mex-Jalisco A-swine-Mexico-AVX-35-2012-H3N2--2012-11-08--Mex-Jalisco 1 A-swine-Mexico-AVX-37-2012-H3N2--2012-11-08--Mex-Jalisco 1A-swine-Mexico-AVX-36-2012-H3N2--2012-11-08--Mex-Jalisco A-swine-Mexico-AVX-38-2012-H3N2--2012-11-08--Mex-Jalisco A-swine-Mexico-AVX-54-2013-H1N1--2013-05-30--Mex-Aguascalientes 1 A-swine-Mexico-AVX-53-2013-H3N2--2013-05-29--Mex-Guanajuato A-swine-Mexico-AVX-11-2012-H1N1--2012-03-13--Mex-Jalisco A-swine-Mexico-AVX-4-2011-H1N2--2011-03-18--Mex-Jalisco A-swine-Mexico-AVX-16-2012-H1N2--2012-03-04--Mex-Jalisco A-swine-Mexico-AVX-13-2012-H3N2--2012-01-05--Mex-Jalisco A-swine-Mexico-AVX-8-2011-H1N2--2011-03-18--Mex-Jalisco A-swine-Mexico-AVX-6-2011-H1N2--2011-03-18--Mex-Jalisco A-swine-Mexico-AVX-5-2011-H1N2--2011-03-18--Mex-Jalisco A-swine-Mexico-AVX-17-2011-H1N2--2011-03-18--Mex-Jalisco 1 A-swine-Mexico-AVX-7-2011-H1N2--2011-03-18--Mex-Jalisco A-swine-Mexico-AVX-18-2012-H1N2--2012-03-13--Mex-Jalisco A-swine-Mexico-AVX-3-2011-H1N1--2011-03-18--Mex-Jalisco A-swine-Mexico-AVX-9-2010-H1N1--2010-03-25--Mex-Jalisco 1A-swine-Mexico-AVX-19-2012-H3N2--2012-06-22--Mex-Guanajuato A-swine-Mexico-AVX-26-2012-H1N2--2012-06-22--Mex-Guanajuato
2010
2015
!" #$%&'( location
./-
,-
genotype 1 genotype 2
1 1
genotype 3 genotype 4 genotype 5 genotype 10 genotype 11 Asia USA/Canada pdm
!"#$%&'"&()&"*(+,%-(./0(.21( 511423(7(51..25 1
A-swine-Mexico-AVX-46-2012-H1N1--2012-12-19--Mex-Guanajuat o A-swine-Mexico-AVX-45-2012-H1N1--2012-12-19--Mex-Guanajuat o A-swine-Mexico-AVX-43-2012-H1N1--2012-11-26--Mex-Guanajuat o A-swine-Mexico-AVX-44-2012-H1N1--2012-11-26--Mex-Guanajuat o A-swine-Mexico-AVX-39-2012-H1N1--2012-11-15--Mex-Guanajuat o A-swine-Mexico-AVX-27-2012-H1N1--2012-08-02--Mex-Guanajuat o A-s wine-Mexico-AVX-30-2012-H1N1--2012-09-14--Mex-Sonor a A-swine-Mexico-AVX-32-2012-H1N1--2012-10-18--Mex-Sonor a
0.99
1
1 1 1 1
1
A-swine-Mexico-AVX-64-2014-H3N2--2014-06-05--Mex-Puebla A-swine-Mexico-AVX-47-2013-H1N1--2013-01-08--Mex-Puebla
1 0.99
1
1 0.94 1 1 1 1
1
1
1 1
1
1
)*+
1
1
!"#$%&'"&()&"*(+,%-(./0(1234( 511625(7(511829 1 1 1 1
A-swine-Mexico-AVX-12-2012-H1N1--2012-03-30--Mex-Jalisc o A-swine-Mexico-AVX-23-2012-H1N1--2012-03-30--Mex-Jalisc o A-swine-Mexico-AVX-24-2012-H1N1--2012-04-03--Mex-Jalisc o A-swine-Mexico-AVX-63-2014-H1N1--2014-04-25--Mex-Jalisc o 1 A-swine-Mexico-AVX-42-2012-H1N1--2012-11-26--Mex-Jalisc o A-swine-Mexico-AVX-62-2014-H1N1--2014-01-14--Mex-Jalisc o A-swine-Mexico-AVX-40-2012-H1N1--2012-11-15--Mex-Jalisc o A-swine-Mexico-AVX-57-2013-H3N2--2013-06-21--Mex-Yucata n 1A-swine-Mexico-AVX-14-2012-H3N2--2012-01-26--Mex-Jalisc o 1 A-swine-Mexico-AVX-60-2013-H3N2--2013-09-30--Mex-Jalisc o A-swine-Mexico-AVX-41-2012-H1N1--2012-11-15--Mex-Jalisc o A-swine-Mexico-AVX-35-2012-H3N2--2012-11-08--Mex-Jalisc o 1 A-swine-Mexico-AVX-38-2012-H3N2--2012-11-08--Mex-Jalisc o A-swine-Mexico-AVX-37-2012-H3N2--2012-11-08--Mex-Jalisc o A-swine-Mexico-AVX-36-2012-H3N2--2012-11-08--Mex-Jalisc o A-swine-Mexico-AVX-53-2013-H3N2--2013-05-29--Mex-Guanajuat o 1 A-swine-Mexico-AVX-54-2013-H1N1--2013-05-30--Mex-Aguascalientes A-swine-Mexico-AVX-11-2012-H1N1--2012-03-13--Mex-Jalisc o A-swine-Mexico-AVX-3-2011-H1N1--2011-03-18--Mex-Jalisc o A-swine-Mexico-AVX-9-2010-H1N1--2010-03-25--Mex-Jalisc o A-swine-Mexico-AVX-8-2011-H1N2--2011-03-18--Mex-Jalisc o A-swine-Mexico-AVX-5-2011-H1N2--2011-03-18--Mex-Jalisc o A-swine-Mexico-AVX-17-2011-H1N2--2011-03-18--Mex-Jalisc 1A-swine-Mexico-AVX-6-2011-H1N2--2011-03-18--Mex-Jalisc o o A-swine-Mexico-AVX-7-2011-H1N2--2011-03-18--Mex-Jalisc o A-swine-Mexico-AVX-19-2012-H3N2--2012-06-22--Mex-Guanajuat o A-swine-Mexico-AVX-26-2012-H1N2--2012-06-22--Mex-Guanajuat o o 1A-swine-Mexico-AVX-4-2011-H1N2--2011-03-18--Mex-Jalisc A-swine-Mexico-AVX-16-2012-H1N2--2012-03-04--Mex-Jalisc o A-swine-Mexico-AVX-13-2012-H3N2--2012-01-05--Mex-Jalisc o
1
0.87
1
1 0.91
2 00 0
20 0 5
2010
2015
$% &'())*&(' 1
!"# %-,
location genotype 1
+,
1
genotype 11 pdm Asia
A-swine-Mexico-AVX-43-2012-H1N1--2012-11-26--Mex-Guanajuat o A-swine-Mexico-AVX-45-2012-H1N1--2012-12-19--Mex-Guanajuat o A-swine-Mexico-AVX-39-2012-H1N1--2012-11-15--Mex-Guanajuat o A-swine-Mexico-AVX-46-2012-H1N1--2012-12-19--Mex-Guanajuat o 1 A-swine-Mexico-AVX-44-2012-H1N1--2012-11-26--Mex-Guanajuat o A-swine-Mexico-AVX-27-2012-H1N1--2012-08-02--Mex-Guanajuat o
1
USA/Canada
!"#$%&'"&()&"*(+,%-(./0(.12( 322415(6(32..17
1
1
1 1 1
1 1 1
!"#$%&'"&()&"*(+,%-(./0(.12( .77317(6(322815 A-swine-Mexico-AVX-23-2012-H1N1--2012-03-30--Mex-Jalisc o A-swine-Mexico-AVX-12-2012-H1N1--2012-03-30--Mex-Jalisc o A-swine-Mexico-AVX-24-2012-H1N1--2012-04-03--Mex-Jalisc o A-swine-Mexico-AVX-41-2012-H1N1--2012-11-15--Mex-Jalisc o A-swine-Mexico-AVX-42-2012-H1N1--2012-11-26--Mex-Jalisc o A-swine-Mexico-AVX-63-2014-H1N1--2014-04-25--Mex-Jalisc o A-swine-Mexico-AVX-40-2012-H1N1--2012-11-15--Mex-Jalisc o A-swine-Mexico-AVX-62-2014-H1N1--2014-01-14--Mex-Jalisc o A-Swine-Mexico-9762101-2013-H1N1--2013-04-30--Me x 1 A-Swine-Mexico-9783445-2013-H1N1--2013-05-09--Me x A-S wine-Mexico-9800323-2013-H1N1--2013-05-16--Me x A-swine-Mexico-AVX-54-2013-H1N1--2013-05-30--Mex-Aguascalientes 1 A -Swine-Mexico-9557133-2013-H1N1--2013-01-14--Me x A-swine-Mexico-AVX-11-2012-H1N1--2012-03-13--Mex-Jalisc o A-swine-Mexico-AVX-3-2011-H1N1--2011-03-18--Mex-Jalisc o A-swine-Mexico-AVX-9-2010-H1N1--2010-03-25--Mex-Jalisc o
0.87
0.98
1
1 1
1
1 0.8
1
0.9 A-swine-Mexico-AVX-30-2012-H1N1--2012-09-14--Mex-Sonor a
1
1
1
1
1 0.99 1
1
1
1
1
1 96 0
1 97 0
19 8 0
19 9 0
2000
2010
2020
!" #$%&'
location
"*)
()
1
genotype 2 genotype 9
1
human 1
Asia Europe
1
USA/Canada South America
1 0.98
1
1 1
1
1 A-swine-Mexico-AVX-17-2011-H1N2--Mex-Jalisco--2011-03-1 8 A-swine-Mexico-AVX-8-2011-H1N2--Mex-Jalisco--2011-03-1 8 A-swine-Mexico-AVX-7-2011-H1N2--Mex-Jalisco--2011-03-1 8 A-swine-Mexico-AVX-5-2011-H1N2--Mex-Jalisco--2011-03-1 8 A-swine-Mexico-AVX-6-2011-H1N2--Mex-Jalisco--2011-03-1 8 A-swine-Mexico-AVX-18-2012-H1N2--Mex-Jalisco--2012-03-1 3 A-swine-Mexico-AVX-4-2011-H1N2--Mex-Jalisco--2011-03-1 8 A-swine-Mexico-AVX-16-2012-H1N2--Mex-Jalisco--2012-03-0 4 5 1 A-swine-Mexico-AVX-49-2013-H1N2--Mex-Sonora--2013-03-2 A-swine-Mexico-AVX-61-2013-H1N1--Mex-Sonora--2013-09-3 0
1 0.85 1
1
1 1
1
1 1
1
0.85
1
1
1
198 0
19 9 0
20 0 0
2010
2020
%& #$"
location
!"
1
genotype 3 genotype 5 genotype 8
1
genotype 10 genotype 13 genotype 14 Asia USA/Canada South America human
A-Swine-Mexico-9834542-2013-H3N2--2013-06-0 3 A-Swine-Mexico-9890611-2013-H3N2--2013-06-3 0 A-Swine-Mexico-9834545-2013-H3N2--2013-06-0 3 A-Swine-Mexico-9834567-2013-H3N2--2013-06-0 3 1 A-swine-Mexico-S G1448-2011-H3N2-MexxN2-4--2011-10-2 1 A-Swine-Mexico-8630588-2011-H3N2--2011-10-2 0 A-swine-Mexico-AVX-28-2012-H3N2--Mex-Sonora--2012-09-0 6 A-swine-Mexico-S G1449-2011-H3N2-MexxN2-4--2011-10-2 1 A-Swine-Mexico-8630638-2011-H3N2--2011-10-2 0 A-swine-Mexico-S G1447-2011-H3N2-MexxN2-4--2011-10-2 1 1 A-Swine-Mexico-8630565-2011-H3N2--2011-10-2 0 A-swine-Mexico-S G1442-2010-H3N2-MexxN2-4--2010-11-2 9 A-Swine-Mexico-7932475-2010-H3N2--2010-11-2 8 A-swine-Mexico-AVX-34-2012-H3N2--Mex-Sonora--2012-10-2 9 A-swine-Mexico-AVX-15-2012-H3N2--Mex-Sonora--2012-03-1 5 A-Swine-Mexico-8531936-2011-H3N2--2011-09-0 1 A-swine-Mexico-AVX-33-2012-H3N2--Mex-Sonora--2012-10-2 9 1 A-Swine-Mex ico-10499819-2014- H3N2--2014-04-2 7 A-Swine-Mexico-9562931-2013-H3N1--2013-01-1 6 A-Swine-Mexico-9783350-2013-H3N2--2013-05-0 9 A-swine-Mexico-AVX-60-2013-H3N2--Mex-Jalisco--2013-09-3 0 1 A-swine-Mexico-AVX-14-2012-H3N2--Mex-Jalisco--2012-01-2 6 A-swine-Mexico-AVX-57-2013-H3N2--Mex-Yucatan--2013-06-2 1 A-Swine-Mexico-8630459-2011-H3N2--2011-10-2 0 A-swine-Mexico-S G1444-2011-H3N2-MexxN2-4--2011-10-2 1 1 A-Swine-Mexico-7773583-2010-H3N2--2010-09-1 5
0.89
1 1
A-swine-Mexico-AVX-37-2012-H3N2--Mex-Jalisco--2012-11-0 8 A-swine-Mexico-AVX-38-2012-H3N2--Mex-Jalisco--2012-11-0 8 A-swine-Mexico-AVX-36-2012-H3N2--Mex-Jalisco--2012-11-0 8 A-swine-Mexico-AVX-35-2012-H3N2--Mex-Jalisco--2012-11-0 8 A-swine-Mexico-AVX-19-2012-H3N2--Mex-Guanajuato--2012-06-2 2 A-swine-Mexico-AVX-26-2012-H3N2--Mex-Guanajuato--2012-06-2 2 A-swine-Mexico-AVX-20-2012-H?--Mex-Guanajuato--2012-06-0 3 A-swine-Mexico-AVX-53-2013-H3N2--Mex-Guanajuato--2013-05-2 9
1 1
1
A-swine-Mexico-AVX-64-2014-H3N2--Mex-Puebla--2014-06-05
0.88
1 0.99 1
A-swine-Mexico-AVX-13-2012-H3N2--Mex-Jalisco--2012-01-0 5
1
1
1 1
1 1
1
1
0.91
1 1
1
1 0.97
1
A-Swine-Mexico-9714185-2013-H3N2--2013-04-0 7 A-Swine-Mexico-9783514-2013-H3N2--2013-05-0 9 A-Swine-Mexico-9741876-2013-H3N2--2013-04-2 1 A-Swine-Mexico-9857788-2013-H3N2--2013-06-1 3 A-Swine-Mexico-9634750-2013-H3N2--2013-02-2 4 A-Swine-Mexico-9453694-2012-H3N2--2012-11-2 2 A-Swine-Mexico-9684432-2013-H3N2--2013-03-2 1
1
1
0.81
1 99 0
20 0 5
20 0 0
2005
2010
2015
!" #$%&'( )*+,,&)+*01/
location
./
genotype 1 genotype 2 genotype 3 1
genotype 4 genotype 5
1
genotype 7 genotype 11 genotype 13
1
genotype 14
A/swine/Mexico/SG1448/2011/H3N2--EPI-ISL-151392--2011-10-21--Me x A-swine-Mexico-AVX-25--2012-H1N1--2012-04-27--Mex-S onor a A/swine/Mexico/SG1449/2011/H3N2--EPI-ISL-151191--2011-10-21--Me x 1 A/swine/Mexico/SG1447/2011/H3N2--EPI-ISL-151391--2011-10-21--Me x A/swine/Mexico/SG1442/2010/H3N2--EPI-ISL-151161--2010-11-29--Me x A/swine/Mexico/SG1444/2011/H3N2--EPI-ISL-151212--2011-10-21--Me x
Asia USA/Canada pdm
1
1
1
A-swine-Mexico-AVX-47--2013-H1N1--2013-01-08--Mex -Puebl a A-swine-Mexico-AVX-64--2014-H3N2--2014-06-05--Mex -Puebl a
1
0.99
!"#$%&'"&()&"*(+,%-(./0(1234 .55627(8(71192:3 1
A-swine-Mexico-AVX-23--2012-H1N1--2012-03-30--Mex-Jalisc o A-swine-Mexico-AVX-24--2012-H1N1--2012-04-03--Mex-Jalisc o A-swine-Mexico-AVX-12--2012-H1N1--2012-03-30--Mex-Jalisc o A-swine-Mexico-AVX-63--2014-H1N1--2014-04-25--Mex-Jalisc o A-swine-Mexico-AVX-40--2012-H1N1--2012-11-15--Mex-Jalisc o A-swine-Mexico-AVX-62--2014-H1N1--2014-01-14--Mex-Jalisc o A-swine-Mexico-AVX-42--2012-H1N1--2012-11-26--Mex-Jalisc o A-swine-Mexico-AVX-41--2012-H1N1--2012-11-15--Mex-Jalisc o A-swine-Mexico-AVX-36--2012-H3N2--2012-11-08--Mex-Jalisc o A-swine-Mexico-AVX-38--2012-H3N2--2012-11-08--Mex-Jalisc o A-swine-Mexico-AVX-37--2012-H3N2--2012-11-08--Mex-Jalisc o A-swine-Mexico-AVX-35--2012-H3N2--2012-11-08--Mex-Jalisc o A-swine-Mexico-AVX-57--2013-H3N2--2013-06-21--Mex -Yuca t an A-swine-Mexico-AVX-14--2012-H3N2--2012-01-26--Mex-Jalisc o A-swine-Mexico-AVX-60--2013-H3N2--2013-09-30--Mex-Jalisc o A-swine-Mexico-AVX-54--2013-H1N1--2013-05-30--Mex-Aguascaliente s A-swine-Mexico-AVX-53--2013-H3N2--2013-05-29--Mex- Guanajua to A-swine-Mexico-AVX-11--2012-H1N1--2012-03-13--Mex-Jalisc o 1 A-swine-Mexico-AVX-45--2012-H1N1--2012-12-19--Mex- G uanajua to A-swine-Mexico-AVX-39--2012-H1N1--2012-11-15--Mex- Guanajua to A-swine-Mexico-AVX-44--2012-H1N1--2012-11-26--Mex- Guanajua to A-swine-Mexico-AVX-46--2012-H1N1--2012-12-19--Mex- G uanajua to A-swine-Mexico-AVX-43--2012-H1N1--2012-11-26--Mex- Guanajua to A-swine-Mexico-AVX-27--2012-H1N1--2012-08-02--Mex- Guanajua to A-swine-Mexico-AVX-17--2011-H1N2--2011-03-18--Mex-Jalisc o A-swine-Mexico-AVX-6--2011-H1N2--2011-03-18--Mex-Jalisc o A-swine-Mexico-AVX-7--2011-H1N2--2011-03-18--Mex-Jalisc o A-swine-Mexico-AVX-5--2011-H1N2--2011-03-18--Mex-Jalisc o 1 A-swine-Mexico-AVX-8--2011-H1N2--2011-03-18--Mex-Jalisc o A-swine-Mexico-AVX-18--2012-H1N2--2012-03-13--Mex-Jalisc o A-swine-Mexico-AVX-9--2010-H1N1--2010-03-25--Mex-Jalisc o A-swine-Mexico-AVX-3--2011-H1N1--2011-03-18--Mex-Jalisc o A-swine-Mexico-AVX-13--2012-H3N2--2012-01-05--Mex-Jalisc o A-swine-Mexico-AVX-26--2012-H1N2--2012-06-22--Mex- Guanajua to A-swine-Mexico-AVX-19--2012-H3N2--2012-06-22--Mex- Guanajua to 1 A-swine-Mexico-AVX-20--2012-H?--2012-06-03--Mex- Guanajuato 0.85 A-swine-Mexico-AVX-16--2012-H1N2--2012-03-04--Mex-Jalisc o 1A-swine-Mexico-AVX-4--2011-H1N2--2011-03-18--Mex-Jalisc o
1
1
0.89
1 0.99
0.94
1 1
1 1 1 A-swine-Mexico-AVX-30--2012-H1N1--2012-09-14--Mex-S onor a 1 1 1
1
19 8 0
19 9 0
2000
2 01 0
2020
!" #$%&'()'*+
location
".-
,-
genotype 1 genotype 5 pdm Asia Europe 1
1
1
1
!"#$%&'"&()&"*(+,%-(./0(.12( .33.14(5(622718 1
A-swine-Mexico-AVX-23-2012-H1N1--2012-03-30--Mex-Jalisc o A-swine-Mexico-AVX-24-2012-H1N1--2012-04-03--Mex-Jalisc o A-swine-Mexico-AVX-12-2012-H1N1--2012-03-30--Mex-Jalisc o A-swine-Mexico-AVX-41-2012-H1N1--2012-11-15--Mex-Jalisc o A-swine-Mexico-AVX-40-2012-H1N1--2012-11-15--Mex-Jalisc o A-swine-Mexico-AVX-42-2012-H1N1--2012-11-26--Mex-Jalisc o A-swine-Mexico-AVX-63-2014-H1N1--2014-04-25--Mex-Jalisc o A-swine-Mexico-AVX-62-2014-H1N1--2014-01-14--Mex-Jalisc o A-swine-Mexico-AVX-11-2012-H1N1--2012-03-13--Mex-Jalisc o A-swine-Mexico-AVX-54-2013-H1N1--2013-05-30--Mex-Aguascalientes A-swine-Mexico-AVX-9-2010-H1N1--2010-03-25--Mex-Jalisc o A-swine-Mexico-AVX-3-2011-H1N1--2011-03-18--Mex-Jalisc o
1
0.95
1
!"#$%&'"&()&"*(+,%-(./0(.12( 622812(5(62..18
1
A-swine-Mexico-AVX-45-2012-H1N1--2012-12-19--Mex-Guanajuat o A-swine-Mexico-AVX-46-2012-H1N1--2012-12-19--Mex-Guanajuat o A-swine-Mexico-AVX-43-2012-H1N1--2012-11-26--Mex-Guanajuat o A-swine-Mexico-AVX-44-2012-H1N1--2012-11-26--Mex-Guanajuat o 1 A-swine-Mexico-AVX-39-2012-H1N1--2012-11-15--Mex-Guanajuat o A-swine-Mexico-AVX-27-2012-H1N1--2012-08-02--Mex-Guanajuat o A-swine-Mexico-AVX-47-2013-H1N1--2013-01-08--Mex-Puebla
1
1
0.88
1
1
0.84
1
1
1
1
1
1
1980
1990
2000
2010
!" location
1
%&$
#$
genotype 2 genotype 3 genotype 6 genotype 8 genotype 9
A/swine/Mexico/SG1448/2011/H3N2-Mex-H3-3--2011-10-21 A/swine/Mexico/SG1449/2011/H3N2-Mex-H3-3--2011-10-21 1 A/swine/Mexico/SG1447/2011/H3N2-Mex-H3-3--2011-10-21 A/swine/Mexico/SG1442/2010/H3N2-Mex-H3-3--2010-11-29 A-swine-Mexico-AVX-15-2012-H3N2--Mex-Sonora--2012-03-15 A-swine-Mexico-AVX-34-2012-H3N2--Mex-Sonora--2012-10-29 A-swine-Mexico-AVX-33-2012-H3N2--Mex-Sonora--2012-10-29 A/swine/Mexico/SG1444/2011/H3N2-Mex-H3-3--2011-10-21 A-swine-Mexico-AVX-32-2012-H3N2--Mex-Sonora--2012-10-18 A-swine-Mexico-AVX-28-2012-H3N2--Mex-Sonora--2012-09-06
1
genotype 10 genotype 12 genotype 13 genotype 14 Asia Europe
A-swine-Mexico-AVX-6-2011-H1N2--Mex-Jalisco--2011-03-18 A-swine-Mexico-AVX-8-2011-H1N2--Mex-Jalisco--2011-03-18 A-swine-Mexico-AVX-17-2011-H1N2--Mex-Jalisco--2011-03-18 A-swine-Mexico-AVX-5-2011-H1N2--Mex-Jalisco--2011-03-18 A-swine-Mexico-AVX-7-2011-H1N2--Mex-Jalisco--2011-03-18 A-swine-Mexico-AVX-18-2012-H1N2--Mex-Jalisco--2012-03-13 A-swine-Mexico-AVX-16-2012-H1N2--Mex-Jalisco--2012-03-04 A-swine-Mexico-AVX-4-2011-H1N2--Mex-Jalisco--2011-03-18
1
USA/Canada South America human
1
1
1
1
1
1
1
1
1
0.99
1
0.89
1
A-swine-Mexico-AVX-64-2014-H3N2--Mex-Puebla--2014-06-05
1
1 0.95 A-swine-Mexico-AVX-35-2012-H3N2--Mex-Jalisco--2012-11-08 A-swine-Mexico-AVX-36-2012-H3N2--Mex-Jalisco--2012-11-08 A-swine-Mexico-AVX-38-2012-H3N2--Mex-Jalisco--2012-11-08 A-swine-Mexico-AVX-37-2012-H3N2--Mex-Jalisco--2012-11-08 A-swine-Mexico-AVX-13-2012-H3N2--Mex-Jalisco--2012-01-05 A-swine-Mexico-AVX-57-2013-H3N2--Mex-Yucatan--2013-06-21 A-swine-Mexico-AVX-14-2012-H3N2--Mex-Jalisco--2012-01-26 A-swine-Mexico-AVX-60-2013-H3N2--Mex-Jalisco--2013-09-30 A-swine-Mexico-AVX-19-2012-H3N2--Mex-Guanajuato--2012-06-22 A-swine-Mexico-AVX-26-2012-H1N2--Mex-Guanajuato--2012-06-22 A-swine-Mexico-AVX-53-2013-H3N2--Mex-Guanajuato--2013-05-29
1
1
1
1
0.97
1 1
0.99
0.82 1
A-swine-Mexico-AVX-49-2013-H1N2--Mex-Sonora--2013-03-25 A-swine-Mexico-AVX-61-2013-H1N1--Mex-Sonora--2013-09-30 A-swine-Mexico-AVX-50-2013-H1N2--Mex-Sonora--2013-03-27
1 1
1
0.96
A-swine-Mexico-AVX-55-2013-H1N2--Mex-Yucatan--2013-06-21 1
1
1
1
1
1
1
1
0.98
0.98 1 1
1 1 1 0.99
1
1
1
1
1
1
1
1
1960
1970
1980
1990
2000
2010
2020
!" #$%&'()'*+ ./-
location
,-
genotype 1 0.95
genotype 2 genotype 3 pdm Asia Europe 1
1
1
1
1 1
1
1 1
1
A-swine-Mexico-AVX-17-2011-H1N2--2011-03-18--Mex-Jalisc o A-swine-Mexico-AVX-6-2011-H1N2--2011-03-18--Mex-Jalisc o A-swine-Mexico-AVX-8-2011-H1N2--2011-03-18--Mex-Jalisc o 1 A-swine-Mexico-AVX-18-2012-H1N2--2012-03-13--Mex-Jalisc o A-swine-Mexico-AVX-5-2011-H1N2--2011-03-18--Mex-Jalisc o A-swine-Mexico-AVX-7-2011-H1N2--2011-03-18--Mex-Jalisc o A-swine-Mexico-AVX-60-2013-H3N2--2013-09-30--Mex-Jalisc o A-swine-Mexico-AVX-41-2012-H1N1--2012-11-15--Mex-Jalisc o A-swine-Mexico-AVX-62-2014-H1N1--2014-01-14--Mex-Jalisc o A-swine-Mexico-AVX-40-2012-H1N1--2012-11-15--Mex-Jalisc o A-swine-Mexico-AVX-42-2012-H1N1--2012-11-26--Mex-Jalisc o A-swine-Mexico-AVX-14-2012-H3N2--2012-01-26--Mex-Jalisc o A-swine-Mexico-AVX-57-2013-H3N2--2013-06-21--Mex-Yucata n A-swine-Mexico-AVX-24-2012-H1N1--2012-04-03--Mex-Jalisc o A-swine-Mexico-AVX-23-2012-H1N1--2012-03-30--Mex-Jalisc o A-swine-Mexico-AVX-12-2012-H1N1--2012-03-30--Mex-Jalisc o A-swine-Mexico-AVX-36-2012-H3N2--2012-11-08--Mex-Jalisc o 0.84 A-swine-Mexico-AVX-38-2012-H3N2--2012-11-08--Mex-Jalisc o 1 A-swine-Mexico-AVX-35-2012-H3N2--2012-11-08--Mex-Jalisc o 1 A-swine-Mexico-AVX-37-2012-H3N2--2012-11-08--Mex-Jalisc o A-swine-Mexico-AVX-54-2013-H1N1--2013-05-30--Mex-Aguascalientes A-swine-Mexico-AVX-53-2013-H3N2--2013-05-29--Mex-Guanajuat o A-swine-Mexico-AVX-11-2012-H1N1--2012-03-13--Mex-Jalisc o A-swine-Mexico-AVX-63-2014-H1N1--2014-04-25--Mex-Jalisc o 0.92 A-swine-Mexico-AVX-45-2012-H1N1--2012-12-19--Mex-Guanajuat o A-swine-Mexico-AVX-39-2012-H1N1--2012-11-15--Mex-Guanajuat o A-swine-Mexico-AVX-46-2012-H1N1--2012-12-19--Mex-Guanajuat o A-swine-Mexico-AVX-43-2012-H1N1--2012-11-26--Mex-Guanajuat o 1 1 A-swine-Mexico-AVX-44-2012-H1N1--2012-11-26--Mex-Guanajuat o A-swine-Mexico-AVX-27-2012-H1N1--2012-08-02--Mex-Guanajuat o 1 A-swine-Mexico-AVX-16-2012-H1N2--2012-03-04--Mex-Jalisc o 1 A-swine-Mexico-AVX-4-2011-H1N2--2011-03-18--Mex-J alisc o 1 A-swine-Mexico-AVX-13-2012-H3N2--2012-01-05--Mex-Jalisc o A-swine-Mexico-AVX-19-2012-H3N2--2012-06-22--Mex-Guanajuat o 0.96 A-swine-Mexico-AVX-26-2012-H1N2--2012-06-22--Mex-Guanajuat o A-swine-Mexico-AVX-20-2012-H?--2012-06-03--Mex-Guanajuat o 0.9 A-swine-Mexico-AVX-9-2010-H1N1--2010-03-25--Mex-Jalisc o 1 A-swine-Mexico-AVX-3-2011-H1N1--2011-03-18--Mex-Jalisc o
1
0.97
!"#$%&'"&()&"*(+,%-(./0(1234 .33423(5(611424
1
0.99
1
1 0.81 1
1 98 0
19 9 0
2000
2010
2020
$% &'()*+ ,-.//0,.-1 location
453
23
genotype 1 genotype 2
A/ s w i n e / M e x i c o / SG 1 4 4 8 / 2 01 1/ H 3 N 2 - M e x- - H 3 - 3 xN 2 - 4 - - 2 0 1 1 - 1 0 - 21 A/ s w i n e / M e x i c o / SG 1 4 4 9 / 2 01 1/ H 3 N 2 - M e x- - H 3 - 3 xN 2 - 4 - - 2 0 1 1 - 1 0 - 21 1A / s w i n e/ M e x i c o/ S G 1 4 4 2 / 2 0 1 0 /H 3 N 2 - M e x- - H 3 - 3 xN 2 - 4 - - 2 0 1 0 - 1 1 - 29 A/ s w i n e / M e x i c o / SG 1 4 4 7 / 2 01 1/ H 3 N 2 - M e x- - H 3 - 3 xN 2 - 4 - - 2 0 1 1 - 1 0 - 21 A-swine-Mexico-AVX-32-2012-H1N1--Mex-Sonora--2012-10-18 A-swine-Mexico-AVX-30-2012-H1N1--Mex-Sonora--2012-09-14
genotype 3 genotype 4 genotype 5 genotype 10 genotype 11 genotype 14 genotype 15 Asia USA/Canada
A-swine-Mexico-SG1444-2011-H3N2
pdm
1
A-swine-Mexico-AVX-23-2012-H1N1--Mex-Jalisco--2012-03-30 A-swine-Mexico-AVX-12-2012-H1N1--Mex-Jalisco--2012-03-30 A-swine-Mexico-AVX-24-2012-H1N1--Mex-Jalisco--2012-04-03 A-swine-Mexico-AVX-42-2012-H1N1--Mex-Jalisco--2012-11-26 1 A-swine-Mexico-AVX-41-2012-H1N1--Mex-Jalisco--2012-11-15 A-swine-Mexico-AVX-62-2014-H1N1--Mex-Jalisco--2014-01-14 A-swine-Mexico-AVX-63-2014-H1N1--Mex-Jalisco--2014-04-25 A-swine-Mexico-AVX-40-2012-H1N1--Mex-Jalisco--2012-11-15 A-swine-Mexico-AVX-35-2012-H3N2--Mex-Jalisco--2012-11-08 A-swine-Mexico-AVX-36-2012-H3N2--Mex-Jalisco--2012-11-08 A-swine-Mexico-AVX-37-2012-H3N2--Mex-Jalisco--2012-11-08 A-swine-Mexico-AVX-38-2012-H3N2--Mex-Jalisco--2012-11-08 A-swine-Mexico-AVX-11-2012-H1N1--Mex-Jalisco--2012-03-13 A-swine-Mexico-AVX-53-2013-H3N2--Mex-Guanajuato--2013-05-29 0.99 A-swine-Mexico-AVX-54-2013-H1N1--Mex-Aguascalientes--2013-05-30 A-swine-Mexico-AVX-14-2012-H3N2--Mex-Jalisco--2012-01-26 1 A-swine-Mexico-AVX-57-2013-H3N2--Mex-Yucatan--2013-06-21 1 A-swine-Mexico-AVX-60-2013-H3N2--Mex-Jalisco--2013-09-30 A-swine-Mexico-AVX-9-2010-H1N1--Mex-Jalisco--2010-03-25 A-swine-Mexico-AVX-3-2011-H1N1--Mex-Jalisco--2011-03-18 1 A-swine-Mexico-AVX-17-2011-H1N2--Mex-Jalisco--2011-03-18 A-swine-Mexico-AVX-6-2011-H1N2--Mex-Jalisco--2011-03-18 A-swine-Mexico-AVX-5-2011-H1N2--Mex-Jalisco--2011-03-18 A-swine-Mexico-AVX-8-2011-H1N2--Mex-Jalisco--2011-03-18 1 A-swine-Mexico-AVX-7-2011-H1N2--Mex-Jalisco--2011-03-18 A-swine-Mexico-AVX-18-2012-H1N2--Mex-Jalisco--2012-03-13 A-swine-Mexico-AVX-44-2012-H1N1--Mex-Guanajuato--2012-11-26 A-swine-Mexico-AVX-39-2012-H1N1--Mex-Guanajuato--2012-11-15 A-swine-Mexico-AVX-46-2012-H1N1--Mex-Guanajuato--2012-12-19 A-swine-Mexico-AVX-45-2012-H1N1--Mex-Guanajuato--2012-12-19 A-swine-Mexico-AVX-43-2012-H1N1--Mex-Guanajuato--2012-11-26 A-swine-Mexico-AVX-27-2012-H1N1--Mex-Guanajuato--2012-08-02 1 0.94 A-swine-Mexico-AVX-16-2012-H1N2--Mex-Jalisco--2012-03-04 A-swine-Mexico-AVX-4-2011-H1N2--Mex-Jalisco--2011-03-18 A-swine-Mexico-AVX-13-2012-H3N2--Mex-Jalisco--2012-01-05 A-swine-Mexico-AVX-19-2012-H3N2--Mex-Guanajuato--2012-06-22 0.94 A-swine-Mexico-AVX-26-2012-H1N2--Mex-Guanajuato--2012-06-22 A-swine-Mexico-AVX-20-2012-H?--Mex-Guanajuato--2012-06-03
!"#$%&'"&()&"*(+,%-(./0(1234 511426(7(511829(
1
1
A-swine-Mexico-AVX-47-2013-H1N1--Mex-Puebla--2013-01-08 A-swine-Mexico-AVX-64-2014-H3N2--Mex-Puebla--2014-06-05
1
0.99
0.98
1
1
1
1
!"#
1
1
1
1
0.97
0.98 1
1
1
1
1980
1990
2000
2010
2020
&'%
location
%$genotype 1 genotype 2 genotype 3 genotype 4 genotype 5 genotype 10 genotype 11
1
genotype 13 pdm Asia USA/Canda
1
1
A-swine-Mexico-AVX-30-2012-H1N1--2012-09-14--Me x A-swine-Mexico-AVX-32-2012-H1N1--2012-10-18--Me x A-swine--Mexico-SG1444-2011-EPI-ISL-151163--2011-10-21--Me x
0.95
1
1
1
0.82
A-swine-Mexico-AVX-47-2013-H1N1--2013-01-08--Me x A-swine-Mexico-AVX-64-2014-H3N2--2014-06-05--Me x
1 1
0.99
!"#
1
1
!"#$%&'"&()&"*(+,%-(./0(123( 0.96
.44526(7(.44824(
0.83
1 1 1
A-swine-Mexico-AVX-46-2012-H1N1--2012-12-19 A-swine-Mexico-AVX-45-2012-H1N1--2012-12-19 A-swine-Mexico-AVX-44-2012-H1N1--2012-11-26 A-swine-Mexico-AVX-39-2012-H1N1--2012-11-15 A-swine-Mexico-AVX-43-2012-H1N1--2012-11-26 1 A-swine-Mexico-AVX-27-2012-H1N1--2012-08-02 A-swine-Mexico-AVX-62-2014-H1N1--2014-01-14 A-swine-Mexico-AVX-40-2012-H1N1--2012-11-15 A-swine-Mexico-AVX-63-2014-H1N1--2014-04-25 A-swine-Mexico-AVX-42-2012-H1N1--2012-11-26 1 A-swine-Mexico-AVX-24-2012-H1N1--2012-04-03 A-s wine-Me x ico- A VX -20-2012-H?--2012-06-03 A-swine-Mexico-AVX-12-2012-H1N1--2012-03-30 0.98 A-swine-Mexico-AVX-14-2012-H3N2--2012-01-26 A-swine-Mexico-AVX-57-2013-H3N2--2013-06-21 A-swine-Mexico-AVX-60-2013-H3N2--2013-09-30 1 A-swine-Mexico-AVX-41-2012-H1N1--2012-11-15 A-swine-Mexico-AVX-36-2012-H3N2--2012-11-08 1 A-swine-Mexico-AVX-35-2012-H3N2--2012-11-08 A-swine-Mexico-AVX-38-2012-H3N2--2012-11-08 A -swine-Mexico-AVX-37-2012-H3N2--2012-11-08 1 A-swine-Mexico-AVX-54-2013-H1N1--2013-05-30 1 A-swine-Mexico-AVX-53-2013-H3N2--2013-05-29 A-swine-Mexico-AVX-11-2012-H1N1--2012-03-13 A-swine-Mexico-AVX-6-2011-H1N2--2011-03-18 A-swine-Mexico-AVX-17-2011-H1N2--2011-03-18 A-swine-Mexico-AVX-5-2011-H1N2--2011-03-18 1A - s w i n e - M e x i c o - A V X - 7 - 2 0 1 1 - H 1 N 2 - - 2 0 1 1 - 0 3 - 1 8 A-swine-Mexico-AVX-8-2011-H1N2--2011-03-18 wine-Mexico-AVX-3-2011-H1N1--2011-03-18 1A - s w i nAe- s- M exico-AVX-9-2010-H1N1--2010-03-25--Me x A-swine-Mexico-AVX-26-2012-H1N2--2012-06-22 1A -swine-Mexico-AVX-19-2012-H3N2--2012-06-22 ico-AVX-4-2011-H1N2--2011-03-18 1A - s w i nAe--sMwei nx e -Mexico-AVX-16-2012-H1N2--2012-04-03 A-swine-Mexico-AVX-13-2012-H3N2--2012-01-05
1
1
1
1 1
1
1
0.91
2 00 0
20 05
2 01 0
2015
!"# $%&'() 1
#/.
locat ion
-.
genotype 1 genotype 2 genotype 3
1
genotype 4 genotype 5 genotype 10 genotype 11 genotype 13 pdm 0.98
Asia USA/Canda
0.98 A-swine-Mexico-AVX-47-2013-H1N1--2013-01-08--Mex-Puebla A-swine-Mexico-AVX-64-2014-H3N2--2014-06-05--Mex-Puebla
1
1
A-swine-Mexico-SG1444-2011-H3N2--EPI-ISL-151163--2011-10-21--Mex A-swine-Mexico-AVX-30-2012-H1N1--2012-09-14--Mex-Sonora A-swine-Mexico-AVX-32-2012-H1N1--2012-10-18--Mex-Sonora
0.93
1
1
1
1
*+,
!"#$%&'"&()&"*(+,%-(./0(.12 322214(5(32.31.(
A-swine-Mexico-AVX-43-2012-H1N1--2012-11-26--Mex-Guanajuato A-swine-Mexico-AVX-46-2012-H1N1--2012-12-19--Mex-Guanajuato A-swine-Mexico-AVX-45-2012-H1N1--2012-12-19--Mex-Guanajuato A-swine-Mexico-AVX-39-2012-H1N1--2012-11-15--Mex-Guanajuato 1 A-swine-Mexico-AVX-44-2012-H1N1--2012-11-26--Mex-Guanajuato A-swine-Mexico-AVX-27-2012-H1N1--2012-08-02--Mex-Guanajuato
0.96
1
1
0.97
1
1
1
1
1
1 0.95 1
1
1 1
!"#$%&'"&()&"*(+,%-(./0(2144 .6671.(5(322819( 1
2000
2005
1
A-swine-Mexico-AVX-23-2012-H1N1--2012-03-30--Mex-Jalisco A-swine-Mexico-AVX-62-2014-H1N1--2014-01-14--Mex-Jalisco A-swine-Mexico-AVX-24-2012-H1N1--2012-04-03--Mex-Jalisco A-swine-Mexico-AVX-12-2012-H1N1--2012-03-30--Mex-Jalisco A-swine-Mexico-AVX-63-2014-H1N1--2014-04-25--Mex-Jalisco A-swine-Mexico-AVX-41-2012-H1N1--2012-11-15--Mex-Jalisco 1 A-swine-Mexico-AVX-42-2012-H1N1--2012-11-26--Mex-Jalisco A-swine-Mexico-AVX-60-2013-H3N2--2013-09-30--Mex-Jalisco 1 A-swine-Mexico-AVX-57-2013-H3N2--2013-06-21--Mex-Yucatan 1 A-swine-Mexico-AVX-14-2012-H3N2--2012-01-26--Mex-Jalisco A-swine-Mexico-AVX-40-2012-H1N1--2012-11-15--Mex-Jalisco A-swine-Mexico-AVX-35-2012-H3N2--2012-11-08--Mex-Jalisco 1 A-swine-Mexico-AVX-37-2012-H3N2--2012-11-08--Mex-Jalisco 1A-swine-Mexico-AVX-36-2012-H3N2--2012-11-08--Mex-Jalisco A-swine-Mexico-AVX-38-2012-H3N2--2012-11-08--Mex-Jalisco A-swine-Mexico-AVX-54-2013-H1N1--2013-05-30--Mex-Aguascalientes 1 A-swine-Mexico-AVX-53-2013-H3N2--2013-05-29--Mex-Guanajuato A-swine-Mexico-AVX-11-2012-H1N1--2012-03-13--Mex-Jalisco A-swine-Mexico-AVX-4-2011-H1N2--2011-03-18--Mex-Jalisco A-swine-Mexico-AVX-16-2012-H1N2--2012-03-04--Mex-Jalisco A-swine-Mexico-AVX-13-2012-H3N2--2012-01-05--Mex-Jalisco A-swine-Mexico-AVX-8-2011-H1N2--2011-03-18--Mex-Jalisco A-swine-Mexico-AVX-6-2011-H1N2--2011-03-18--Mex-Jalisco A-swine-Mexico-AVX-5-2011-H1N2--2011-03-18--Mex-Jalisco A-swine-Mexico-AVX-17-2011-H1N2--2011-03-18--Mex-Jalisco 1 A-swine-Mexico-AVX-7-2011-H1N2--2011-03-18--Mex-Jalisco A-swine-Mexico-AVX-18-2012-H1N2--2012-03-13--Mex-Jalisco A-swine-Mexico-AVX-3-2011-H1N1--2011-03-18--Mex-Jalisco A-swine-Mexico-AVX-9-2010-H1N1--2010-03-25--Mex-Jalisco 1A-swine-Mexico-AVX-19-2012-H3N2--2012-06-22--Mex-Guanajuato A-swine-Mexico-AVX-26-2012-H1N2--2012-06-22--Mex-Guanajuato
2010
2015
!" #$%&'( location
./-
,-
genotype 1 genotype 2
1 1
genotype 3 genotype 4 genotype 5 genotype 10 genotype 11 Asia USA/Canada pdm
!"#$%&'"&()&"*(+,%-(./0(.21( 511423(7(51..25 1
A-swine-Mexico-AVX-46-2012-H1N1--2012-12-19--Mex-Guanajuat o A-swine-Mexico-AVX-45-2012-H1N1--2012-12-19--Mex-Guanajuat o A-swine-Mexico-AVX-43-2012-H1N1--2012-11-26--Mex-Guanajuat o A-swine-Mexico-AVX-44-2012-H1N1--2012-11-26--Mex-Guanajuat o A-swine-Mexico-AVX-39-2012-H1N1--2012-11-15--Mex-Guanajuat o A-swine-Mexico-AVX-27-2012-H1N1--2012-08-02--Mex-Guanajuat o A-s wine-Mexico-AVX-30-2012-H1N1--2012-09-14--Mex-Sonor a A-swine-Mexico-AVX-32-2012-H1N1--2012-10-18--Mex-Sonor a
0.99
1
1 1 1 1
1
A-swine-Mexico-AVX-64-2014-H3N2--2014-06-05--Mex-Puebla A-swine-Mexico-AVX-47-2013-H1N1--2013-01-08--Mex-Puebla
1 0.99
1
1 0.94 1 1 1 1
1
1
1 1
1
1
)*+
1
1
!"#$%&'"&()&"*(+,%-(./0(1234( 511625(7(511829 1 1 1 1
A-swine-Mexico-AVX-12-2012-H1N1--2012-03-30--Mex-Jalisc o A-swine-Mexico-AVX-23-2012-H1N1--2012-03-30--Mex-Jalisc o A-swine-Mexico-AVX-24-2012-H1N1--2012-04-03--Mex-Jalisc o A-swine-Mexico-AVX-63-2014-H1N1--2014-04-25--Mex-Jalisc o 1 A-swine-Mexico-AVX-42-2012-H1N1--2012-11-26--Mex-Jalisc o A-swine-Mexico-AVX-62-2014-H1N1--2014-01-14--Mex-Jalisc o A-swine-Mexico-AVX-40-2012-H1N1--2012-11-15--Mex-Jalisc o A-swine-Mexico-AVX-57-2013-H3N2--2013-06-21--Mex-Yucata n 1A-swine-Mexico-AVX-14-2012-H3N2--2012-01-26--Mex-Jalisc o 1 A-swine-Mexico-AVX-60-2013-H3N2--2013-09-30--Mex-Jalisc o A-swine-Mexico-AVX-41-2012-H1N1--2012-11-15--Mex-Jalisc o A-swine-Mexico-AVX-35-2012-H3N2--2012-11-08--Mex-Jalisc o 1 A-swine-Mexico-AVX-38-2012-H3N2--2012-11-08--Mex-Jalisc o A-swine-Mexico-AVX-37-2012-H3N2--2012-11-08--Mex-Jalisc o A-swine-Mexico-AVX-36-2012-H3N2--2012-11-08--Mex-Jalisc o A-swine-Mexico-AVX-53-2013-H3N2--2013-05-29--Mex-Guanajuat o 1 A-swine-Mexico-AVX-54-2013-H1N1--2013-05-30--Mex-Aguascalientes A-swine-Mexico-AVX-11-2012-H1N1--2012-03-13--Mex-Jalisc o A-swine-Mexico-AVX-3-2011-H1N1--2011-03-18--Mex-Jalisc o A-swine-Mexico-AVX-9-2010-H1N1--2010-03-25--Mex-Jalisc o A-swine-Mexico-AVX-8-2011-H1N2--2011-03-18--Mex-Jalisc o A-swine-Mexico-AVX-5-2011-H1N2--2011-03-18--Mex-Jalisc o A-swine-Mexico-AVX-17-2011-H1N2--2011-03-18--Mex-Jalisc 1A-swine-Mexico-AVX-6-2011-H1N2--2011-03-18--Mex-Jalisc o o A-swine-Mexico-AVX-7-2011-H1N2--2011-03-18--Mex-Jalisc o A-swine-Mexico-AVX-19-2012-H3N2--2012-06-22--Mex-Guanajuat o A-swine-Mexico-AVX-26-2012-H1N2--2012-06-22--Mex-Guanajuat o o 1A-swine-Mexico-AVX-4-2011-H1N2--2011-03-18--Mex-Jalisc A-swine-Mexico-AVX-16-2012-H1N2--2012-03-04--Mex-Jalisc o A-swine-Mexico-AVX-13-2012-H3N2--2012-01-05--Mex-Jalisc o
1
0.87
1
1 0.91
2 00 0
20 0 5
2010
2015
$% &'())*&(' 1
!"# %-,
location genotype 1
+,
1
genotype 11 pdm Asia
A-swine-Mexico-AVX-43-2012-H1N1--2012-11-26--Mex-Guanajuat o A-swine-Mexico-AVX-45-2012-H1N1--2012-12-19--Mex-Guanajuat o A-swine-Mexico-AVX-39-2012-H1N1--2012-11-15--Mex-Guanajuat o A-swine-Mexico-AVX-46-2012-H1N1--2012-12-19--Mex-Guanajuat o 1 A-swine-Mexico-AVX-44-2012-H1N1--2012-11-26--Mex-Guanajuat o A-swine-Mexico-AVX-27-2012-H1N1--2012-08-02--Mex-Guanajuat o
1
USA/Canada
!"#$%&'"&()&"*(+,%-(./0(.12( 322415(6(32..17
1
1
1 1 1
1 1 1
!"#$%&'"&()&"*(+,%-(./0(.12( .77317(6(322815 A-swine-Mexico-AVX-23-2012-H1N1--2012-03-30--Mex-Jalisc o A-swine-Mexico-AVX-12-2012-H1N1--2012-03-30--Mex-Jalisc o A-swine-Mexico-AVX-24-2012-H1N1--2012-04-03--Mex-Jalisc o A-swine-Mexico-AVX-41-2012-H1N1--2012-11-15--Mex-Jalisc o A-swine-Mexico-AVX-42-2012-H1N1--2012-11-26--Mex-Jalisc o A-swine-Mexico-AVX-63-2014-H1N1--2014-04-25--Mex-Jalisc o A-swine-Mexico-AVX-40-2012-H1N1--2012-11-15--Mex-Jalisc o A-swine-Mexico-AVX-62-2014-H1N1--2014-01-14--Mex-Jalisc o A-Swine-Mexico-9762101-2013-H1N1--2013-04-30--Me x 1 A-Swine-Mexico-9783445-2013-H1N1--2013-05-09--Me x A-S wine-Mexico-9800323-2013-H1N1--2013-05-16--Me x A-swine-Mexico-AVX-54-2013-H1N1--2013-05-30--Mex-Aguascalientes 1 A -Swine-Mexico-9557133-2013-H1N1--2013-01-14--Me x A-swine-Mexico-AVX-11-2012-H1N1--2012-03-13--Mex-Jalisc o A-swine-Mexico-AVX-3-2011-H1N1--2011-03-18--Mex-Jalisc o A-swine-Mexico-AVX-9-2010-H1N1--2010-03-25--Mex-Jalisc o
0.87
0.98
1
1 1
1
1 0.8
1
0.9 A-swine-Mexico-AVX-30-2012-H1N1--2012-09-14--Mex-Sonor a
1
1
1
1
1 0.99 1
1
1
1
1
1 96 0
1 97 0
19 8 0
19 9 0
2000
2010
2020
!" #$%&'
location
"*)
()
1
genotype 2 genotype 9
1
human 1
Asia Europe
1
USA/Canada South America
1 0.98
1
1 1
1
1 A-swine-Mexico-AVX-17-2011-H1N2--Mex-Jalisco--2011-03-1 8 A-swine-Mexico-AVX-8-2011-H1N2--Mex-Jalisco--2011-03-1 8 A-swine-Mexico-AVX-7-2011-H1N2--Mex-Jalisco--2011-03-1 8 A-swine-Mexico-AVX-5-2011-H1N2--Mex-Jalisco--2011-03-1 8 A-swine-Mexico-AVX-6-2011-H1N2--Mex-Jalisco--2011-03-1 8 A-swine-Mexico-AVX-18-2012-H1N2--Mex-Jalisco--2012-03-1 3 A-swine-Mexico-AVX-4-2011-H1N2--Mex-Jalisco--2011-03-1 8 A-swine-Mexico-AVX-16-2012-H1N2--Mex-Jalisco--2012-03-0 4 5 1 A-swine-Mexico-AVX-49-2013-H1N2--Mex-Sonora--2013-03-2 A-swine-Mexico-AVX-61-2013-H1N1--Mex-Sonora--2013-09-3 0
1 0.85 1
1
1 1
1
1 1
1
0.85
1
1
1
198 0
19 9 0
20 0 0
2010
2020
%& #$"
location
!"
1
genotype 3 genotype 5 genotype 8
1
genotype 10 genotype 13 genotype 14 Asia USA/Canada South America human
A-Swine-Mexico-9834542-2013-H3N2--2013-06-0 3 A-Swine-Mexico-9890611-2013-H3N2--2013-06-3 0 A-Swine-Mexico-9834545-2013-H3N2--2013-06-0 3 A-Swine-Mexico-9834567-2013-H3N2--2013-06-0 3 1 A-swine-Mexico-S G1448-2011-H3N2-MexxN2-4--2011-10-2 1 A-Swine-Mexico-8630588-2011-H3N2--2011-10-2 0 A-swine-Mexico-AVX-28-2012-H3N2--Mex-Sonora--2012-09-0 6 A-swine-Mexico-S G1449-2011-H3N2-MexxN2-4--2011-10-2 1 A-Swine-Mexico-8630638-2011-H3N2--2011-10-2 0 A-swine-Mexico-S G1447-2011-H3N2-MexxN2-4--2011-10-2 1 1 A-Swine-Mexico-8630565-2011-H3N2--2011-10-2 0 A-swine-Mexico-S G1442-2010-H3N2-MexxN2-4--2010-11-2 9 A-Swine-Mexico-7932475-2010-H3N2--2010-11-2 8 A-swine-Mexico-AVX-34-2012-H3N2--Mex-Sonora--2012-10-2 9 A-swine-Mexico-AVX-15-2012-H3N2--Mex-Sonora--2012-03-1 5 A-Swine-Mexico-8531936-2011-H3N2--2011-09-0 1 A-swine-Mexico-AVX-33-2012-H3N2--Mex-Sonora--2012-10-2 9 1 A-Swine-Mex ico-10499819-2014- H3N2--2014-04-2 7 A-Swine-Mexico-9562931-2013-H3N1--2013-01-1 6 A-Swine-Mexico-9783350-2013-H3N2--2013-05-0 9 A-swine-Mexico-AVX-60-2013-H3N2--Mex-Jalisco--2013-09-3 0 1 A-swine-Mexico-AVX-14-2012-H3N2--Mex-Jalisco--2012-01-2 6 A-swine-Mexico-AVX-57-2013-H3N2--Mex-Yucatan--2013-06-2 1 A-Swine-Mexico-8630459-2011-H3N2--2011-10-2 0 A-swine-Mexico-S G1444-2011-H3N2-MexxN2-4--2011-10-2 1 1 A-Swine-Mexico-7773583-2010-H3N2--2010-09-1 5
0.89
1 1
A-swine-Mexico-AVX-37-2012-H3N2--Mex-Jalisco--2012-11-0 8 A-swine-Mexico-AVX-38-2012-H3N2--Mex-Jalisco--2012-11-0 8 A-swine-Mexico-AVX-36-2012-H3N2--Mex-Jalisco--2012-11-0 8 A-swine-Mexico-AVX-35-2012-H3N2--Mex-Jalisco--2012-11-0 8 A-swine-Mexico-AVX-19-2012-H3N2--Mex-Guanajuato--2012-06-2 2 A-swine-Mexico-AVX-26-2012-H3N2--Mex-Guanajuato--2012-06-2 2 A-swine-Mexico-AVX-20-2012-H?--Mex-Guanajuato--2012-06-0 3 A-swine-Mexico-AVX-53-2013-H3N2--Mex-Guanajuato--2013-05-2 9
1 1
1
A-swine-Mexico-AVX-64-2014-H3N2--Mex-Puebla--2014-06-05
0.88
1 0.99 1
A-swine-Mexico-AVX-13-2012-H3N2--Mex-Jalisco--2012-01-0 5
1
1
1 1
1 1
1
1
0.91
1 1
1
1 0.97
1
A-Swine-Mexico-9714185-2013-H3N2--2013-04-0 7 A-Swine-Mexico-9783514-2013-H3N2--2013-05-0 9 A-Swine-Mexico-9741876-2013-H3N2--2013-04-2 1 A-Swine-Mexico-9857788-2013-H3N2--2013-06-1 3 A-Swine-Mexico-9634750-2013-H3N2--2013-02-2 4 A-Swine-Mexico-9453694-2012-H3N2--2012-11-2 2 A-Swine-Mexico-9684432-2013-H3N2--2013-03-2 1
1
1
0.81
1 99 0
20 0 5
20 0 0
2005
2010
2015
!" #$%&'( )*+,,&)+*01/
location
./
genotype 1 genotype 2 genotype 3 1
genotype 4 genotype 5
1
genotype 7 genotype 11 genotype 13
1
genotype 14
A/swine/Mexico/SG1448/2011/H3N2--EPI-ISL-151392--2011-10-21--Me x A-swine-Mexico-AVX-25--2012-H1N1--2012-04-27--Mex-S onor a A/swine/Mexico/SG1449/2011/H3N2--EPI-ISL-151191--2011-10-21--Me x 1 A/swine/Mexico/SG1447/2011/H3N2--EPI-ISL-151391--2011-10-21--Me x A/swine/Mexico/SG1442/2010/H3N2--EPI-ISL-151161--2010-11-29--Me x A/swine/Mexico/SG1444/2011/H3N2--EPI-ISL-151212--2011-10-21--Me x
Asia USA/Canada pdm
1
1
1
A-swine-Mexico-AVX-47--2013-H1N1--2013-01-08--Mex -Puebl a A-swine-Mexico-AVX-64--2014-H3N2--2014-06-05--Mex -Puebl a
1
0.99
!"#$%&'"&()&"*(+,%-(./0(1234 .55627(8(71192:3 1
A-swine-Mexico-AVX-23--2012-H1N1--2012-03-30--Mex-Jalisc o A-swine-Mexico-AVX-24--2012-H1N1--2012-04-03--Mex-Jalisc o A-swine-Mexico-AVX-12--2012-H1N1--2012-03-30--Mex-Jalisc o A-swine-Mexico-AVX-63--2014-H1N1--2014-04-25--Mex-Jalisc o A-swine-Mexico-AVX-40--2012-H1N1--2012-11-15--Mex-Jalisc o A-swine-Mexico-AVX-62--2014-H1N1--2014-01-14--Mex-Jalisc o A-swine-Mexico-AVX-42--2012-H1N1--2012-11-26--Mex-Jalisc o A-swine-Mexico-AVX-41--2012-H1N1--2012-11-15--Mex-Jalisc o A-swine-Mexico-AVX-36--2012-H3N2--2012-11-08--Mex-Jalisc o A-swine-Mexico-AVX-38--2012-H3N2--2012-11-08--Mex-Jalisc o A-swine-Mexico-AVX-37--2012-H3N2--2012-11-08--Mex-Jalisc o A-swine-Mexico-AVX-35--2012-H3N2--2012-11-08--Mex-Jalisc o A-swine-Mexico-AVX-57--2013-H3N2--2013-06-21--Mex -Yuca t an A-swine-Mexico-AVX-14--2012-H3N2--2012-01-26--Mex-Jalisc o A-swine-Mexico-AVX-60--2013-H3N2--2013-09-30--Mex-Jalisc o A-swine-Mexico-AVX-54--2013-H1N1--2013-05-30--Mex-Aguascaliente s A-swine-Mexico-AVX-53--2013-H3N2--2013-05-29--Mex- Guanajua to A-swine-Mexico-AVX-11--2012-H1N1--2012-03-13--Mex-Jalisc o 1 A-swine-Mexico-AVX-45--2012-H1N1--2012-12-19--Mex- G uanajua to A-swine-Mexico-AVX-39--2012-H1N1--2012-11-15--Mex- Guanajua to A-swine-Mexico-AVX-44--2012-H1N1--2012-11-26--Mex- Guanajua to A-swine-Mexico-AVX-46--2012-H1N1--2012-12-19--Mex- G uanajua to A-swine-Mexico-AVX-43--2012-H1N1--2012-11-26--Mex- Guanajua to A-swine-Mexico-AVX-27--2012-H1N1--2012-08-02--Mex- Guanajua to A-swine-Mexico-AVX-17--2011-H1N2--2011-03-18--Mex-Jalisc o A-swine-Mexico-AVX-6--2011-H1N2--2011-03-18--Mex-Jalisc o A-swine-Mexico-AVX-7--2011-H1N2--2011-03-18--Mex-Jalisc o A-swine-Mexico-AVX-5--2011-H1N2--2011-03-18--Mex-Jalisc o 1 A-swine-Mexico-AVX-8--2011-H1N2--2011-03-18--Mex-Jalisc o A-swine-Mexico-AVX-18--2012-H1N2--2012-03-13--Mex-Jalisc o A-swine-Mexico-AVX-9--2010-H1N1--2010-03-25--Mex-Jalisc o A-swine-Mexico-AVX-3--2011-H1N1--2011-03-18--Mex-Jalisc o A-swine-Mexico-AVX-13--2012-H3N2--2012-01-05--Mex-Jalisc o A-swine-Mexico-AVX-26--2012-H1N2--2012-06-22--Mex- Guanajua to A-swine-Mexico-AVX-19--2012-H3N2--2012-06-22--Mex- Guanajua to 1 A-swine-Mexico-AVX-20--2012-H?--2012-06-03--Mex- Guanajuato 0.85 A-swine-Mexico-AVX-16--2012-H1N2--2012-03-04--Mex-Jalisc o 1A-swine-Mexico-AVX-4--2011-H1N2--2011-03-18--Mex-Jalisc o
1
1
0.89
1 0.99
0.94
1 1
1 1 1 A-swine-Mexico-AVX-30--2012-H1N1--2012-09-14--Mex-S onor a 1 1 1
1
19 8 0
19 9 0
2000
2 01 0
2020
!" #$%&'()'*+
location
".-
,-
genotype 1 genotype 5 pdm Asia Europe 1
1
1
1
!"#$%&'"&()&"*(+,%-(./0(.12( .33.14(5(622718 1
A-swine-Mexico-AVX-23-2012-H1N1--2012-03-30--Mex-Jalisc o A-swine-Mexico-AVX-24-2012-H1N1--2012-04-03--Mex-Jalisc o A-swine-Mexico-AVX-12-2012-H1N1--2012-03-30--Mex-Jalisc o A-swine-Mexico-AVX-41-2012-H1N1--2012-11-15--Mex-Jalisc o A-swine-Mexico-AVX-40-2012-H1N1--2012-11-15--Mex-Jalisc o A-swine-Mexico-AVX-42-2012-H1N1--2012-11-26--Mex-Jalisc o A-swine-Mexico-AVX-63-2014-H1N1--2014-04-25--Mex-Jalisc o A-swine-Mexico-AVX-62-2014-H1N1--2014-01-14--Mex-Jalisc o A-swine-Mexico-AVX-11-2012-H1N1--2012-03-13--Mex-Jalisc o A-swine-Mexico-AVX-54-2013-H1N1--2013-05-30--Mex-Aguascalientes A-swine-Mexico-AVX-9-2010-H1N1--2010-03-25--Mex-Jalisc o A-swine-Mexico-AVX-3-2011-H1N1--2011-03-18--Mex-Jalisc o
1
0.95
1
!"#$%&'"&()&"*(+,%-(./0(.12( 622812(5(62..18
1
A-swine-Mexico-AVX-45-2012-H1N1--2012-12-19--Mex-Guanajuat o A-swine-Mexico-AVX-46-2012-H1N1--2012-12-19--Mex-Guanajuat o A-swine-Mexico-AVX-43-2012-H1N1--2012-11-26--Mex-Guanajuat o A-swine-Mexico-AVX-44-2012-H1N1--2012-11-26--Mex-Guanajuat o 1 A-swine-Mexico-AVX-39-2012-H1N1--2012-11-15--Mex-Guanajuat o A-swine-Mexico-AVX-27-2012-H1N1--2012-08-02--Mex-Guanajuat o A-swine-Mexico-AVX-47-2013-H1N1--2013-01-08--Mex-Puebla
1
1
0.88
1
1
0.84
1
1
1
1
1
1
1980
1990
2000
2010
!" location
1
%&$
#$
genotype 2 genotype 3 genotype 6 genotype 8 genotype 9
A/swine/Mexico/SG1448/2011/H3N2-Mex-H3-3--2011-10-21 A/swine/Mexico/SG1449/2011/H3N2-Mex-H3-3--2011-10-21 1 A/swine/Mexico/SG1447/2011/H3N2-Mex-H3-3--2011-10-21 A/swine/Mexico/SG1442/2010/H3N2-Mex-H3-3--2010-11-29 A-swine-Mexico-AVX-15-2012-H3N2--Mex-Sonora--2012-03-15 A-swine-Mexico-AVX-34-2012-H3N2--Mex-Sonora--2012-10-29 A-swine-Mexico-AVX-33-2012-H3N2--Mex-Sonora--2012-10-29 A/swine/Mexico/SG1444/2011/H3N2-Mex-H3-3--2011-10-21 A-swine-Mexico-AVX-32-2012-H3N2--Mex-Sonora--2012-10-18 A-swine-Mexico-AVX-28-2012-H3N2--Mex-Sonora--2012-09-06
1
genotype 10 genotype 12 genotype 13 genotype 14 Asia Europe
A-swine-Mexico-AVX-6-2011-H1N2--Mex-Jalisco--2011-03-18 A-swine-Mexico-AVX-8-2011-H1N2--Mex-Jalisco--2011-03-18 A-swine-Mexico-AVX-17-2011-H1N2--Mex-Jalisco--2011-03-18 A-swine-Mexico-AVX-5-2011-H1N2--Mex-Jalisco--2011-03-18 A-swine-Mexico-AVX-7-2011-H1N2--Mex-Jalisco--2011-03-18 A-swine-Mexico-AVX-18-2012-H1N2--Mex-Jalisco--2012-03-13 A-swine-Mexico-AVX-16-2012-H1N2--Mex-Jalisco--2012-03-04 A-swine-Mexico-AVX-4-2011-H1N2--Mex-Jalisco--2011-03-18
1
USA/Canada South America human
1
1
1
1
1
1
1
1
1
0.99
1
0.89
1
A-swine-Mexico-AVX-64-2014-H3N2--Mex-Puebla--2014-06-05
1
1 0.95 A-swine-Mexico-AVX-35-2012-H3N2--Mex-Jalisco--2012-11-08 A-swine-Mexico-AVX-36-2012-H3N2--Mex-Jalisco--2012-11-08 A-swine-Mexico-AVX-38-2012-H3N2--Mex-Jalisco--2012-11-08 A-swine-Mexico-AVX-37-2012-H3N2--Mex-Jalisco--2012-11-08 A-swine-Mexico-AVX-13-2012-H3N2--Mex-Jalisco--2012-01-05 A-swine-Mexico-AVX-57-2013-H3N2--Mex-Yucatan--2013-06-21 A-swine-Mexico-AVX-14-2012-H3N2--Mex-Jalisco--2012-01-26 A-swine-Mexico-AVX-60-2013-H3N2--Mex-Jalisco--2013-09-30 A-swine-Mexico-AVX-19-2012-H3N2--Mex-Guanajuato--2012-06-22 A-swine-Mexico-AVX-26-2012-H1N2--Mex-Guanajuato--2012-06-22 A-swine-Mexico-AVX-53-2013-H3N2--Mex-Guanajuato--2013-05-29
1
1
1
1
0.97
1 1
0.99
0.82 1
A-swine-Mexico-AVX-49-2013-H1N2--Mex-Sonora--2013-03-25 A-swine-Mexico-AVX-61-2013-H1N1--Mex-Sonora--2013-09-30 A-swine-Mexico-AVX-50-2013-H1N2--Mex-Sonora--2013-03-27
1 1
1
0.96
A-swine-Mexico-AVX-55-2013-H1N2--Mex-Yucatan--2013-06-21 1
1
1
1
1
1
1
1
0.98
0.98 1 1
1 1 1 0.99
1
1
1
1
1
1
1
1
1960
1970
1980
1990
2000
2010
2020
!" #$%&'()'*+ ./-
location
,-
genotype 1 0.95
genotype 2 genotype 3 pdm Asia Europe 1
1
1
1
1 1
1
1 1
1
A-swine-Mexico-AVX-17-2011-H1N2--2011-03-18--Mex-Jalisc o A-swine-Mexico-AVX-6-2011-H1N2--2011-03-18--Mex-Jalisc o A-swine-Mexico-AVX-8-2011-H1N2--2011-03-18--Mex-Jalisc o 1 A-swine-Mexico-AVX-18-2012-H1N2--2012-03-13--Mex-Jalisc o A-swine-Mexico-AVX-5-2011-H1N2--2011-03-18--Mex-Jalisc o A-swine-Mexico-AVX-7-2011-H1N2--2011-03-18--Mex-Jalisc o A-swine-Mexico-AVX-60-2013-H3N2--2013-09-30--Mex-Jalisc o A-swine-Mexico-AVX-41-2012-H1N1--2012-11-15--Mex-Jalisc o A-swine-Mexico-AVX-62-2014-H1N1--2014-01-14--Mex-Jalisc o A-swine-Mexico-AVX-40-2012-H1N1--2012-11-15--Mex-Jalisc o A-swine-Mexico-AVX-42-2012-H1N1--2012-11-26--Mex-Jalisc o A-swine-Mexico-AVX-14-2012-H3N2--2012-01-26--Mex-Jalisc o A-swine-Mexico-AVX-57-2013-H3N2--2013-06-21--Mex-Yucata n A-swine-Mexico-AVX-24-2012-H1N1--2012-04-03--Mex-Jalisc o A-swine-Mexico-AVX-23-2012-H1N1--2012-03-30--Mex-Jalisc o A-swine-Mexico-AVX-12-2012-H1N1--2012-03-30--Mex-Jalisc o A-swine-Mexico-AVX-36-2012-H3N2--2012-11-08--Mex-Jalisc o 0.84 A-swine-Mexico-AVX-38-2012-H3N2--2012-11-08--Mex-Jalisc o 1 A-swine-Mexico-AVX-35-2012-H3N2--2012-11-08--Mex-Jalisc o 1 A-swine-Mexico-AVX-37-2012-H3N2--2012-11-08--Mex-Jalisc o A-swine-Mexico-AVX-54-2013-H1N1--2013-05-30--Mex-Aguascalientes A-swine-Mexico-AVX-53-2013-H3N2--2013-05-29--Mex-Guanajuat o A-swine-Mexico-AVX-11-2012-H1N1--2012-03-13--Mex-Jalisc o A-swine-Mexico-AVX-63-2014-H1N1--2014-04-25--Mex-Jalisc o 0.92 A-swine-Mexico-AVX-45-2012-H1N1--2012-12-19--Mex-Guanajuat o A-swine-Mexico-AVX-39-2012-H1N1--2012-11-15--Mex-Guanajuat o A-swine-Mexico-AVX-46-2012-H1N1--2012-12-19--Mex-Guanajuat o A-swine-Mexico-AVX-43-2012-H1N1--2012-11-26--Mex-Guanajuat o 1 1 A-swine-Mexico-AVX-44-2012-H1N1--2012-11-26--Mex-Guanajuat o A-swine-Mexico-AVX-27-2012-H1N1--2012-08-02--Mex-Guanajuat o 1 A-swine-Mexico-AVX-16-2012-H1N2--2012-03-04--Mex-Jalisc o 1 A-swine-Mexico-AVX-4-2011-H1N2--2011-03-18--Mex-J alisc o 1 A-swine-Mexico-AVX-13-2012-H3N2--2012-01-05--Mex-Jalisc o A-swine-Mexico-AVX-19-2012-H3N2--2012-06-22--Mex-Guanajuat o 0.96 A-swine-Mexico-AVX-26-2012-H1N2--2012-06-22--Mex-Guanajuat o A-swine-Mexico-AVX-20-2012-H?--2012-06-03--Mex-Guanajuat o 0.9 A-swine-Mexico-AVX-9-2010-H1N1--2010-03-25--Mex-Jalisc o 1 A-swine-Mexico-AVX-3-2011-H1N1--2011-03-18--Mex-Jalisc o
1
0.97
!"#$%&'"&()&"*(+,%-(./0(1234 .33423(5(611424
1
0.99
1
1 0.81 1
1 98 0
19 9 0
2000
2010
2020
$% &'()*+ ,-.//0,.-1 location
453
23
genotype 1 genotype 2
A/ s w i n e / M e x i c o / SG 1 4 4 8 / 2 01 1/ H 3 N 2 - M e x- - H 3 - 3 xN 2 - 4 - - 2 0 1 1 - 1 0 - 21 A/ s w i n e / M e x i c o / SG 1 4 4 9 / 2 01 1/ H 3 N 2 - M e x- - H 3 - 3 xN 2 - 4 - - 2 0 1 1 - 1 0 - 21 1A / s w i n e/ M e x i c o/ S G 1 4 4 2 / 2 0 1 0 /H 3 N 2 - M e x- - H 3 - 3 xN 2 - 4 - - 2 0 1 0 - 1 1 - 29 A/ s w i n e / M e x i c o / SG 1 4 4 7 / 2 01 1/ H 3 N 2 - M e x- - H 3 - 3 xN 2 - 4 - - 2 0 1 1 - 1 0 - 21 A-swine-Mexico-AVX-32-2012-H1N1--Mex-Sonora--2012-10-18 A-swine-Mexico-AVX-30-2012-H1N1--Mex-Sonora--2012-09-14
genotype 3 genotype 4 genotype 5 genotype 10 genotype 11 genotype 14 genotype 15 Asia USA/Canada
A-swine-Mexico-SG1444-2011-H3N2
pdm
1
A-swine-Mexico-AVX-23-2012-H1N1--Mex-Jalisco--2012-03-30 A-swine-Mexico-AVX-12-2012-H1N1--Mex-Jalisco--2012-03-30 A-swine-Mexico-AVX-24-2012-H1N1--Mex-Jalisco--2012-04-03 A-swine-Mexico-AVX-42-2012-H1N1--Mex-Jalisco--2012-11-26 1 A-swine-Mexico-AVX-41-2012-H1N1--Mex-Jalisco--2012-11-15 A-swine-Mexico-AVX-62-2014-H1N1--Mex-Jalisco--2014-01-14 A-swine-Mexico-AVX-63-2014-H1N1--Mex-Jalisco--2014-04-25 A-swine-Mexico-AVX-40-2012-H1N1--Mex-Jalisco--2012-11-15 A-swine-Mexico-AVX-35-2012-H3N2--Mex-Jalisco--2012-11-08 A-swine-Mexico-AVX-36-2012-H3N2--Mex-Jalisco--2012-11-08 A-swine-Mexico-AVX-37-2012-H3N2--Mex-Jalisco--2012-11-08 A-swine-Mexico-AVX-38-2012-H3N2--Mex-Jalisco--2012-11-08 A-swine-Mexico-AVX-11-2012-H1N1--Mex-Jalisco--2012-03-13 A-swine-Mexico-AVX-53-2013-H3N2--Mex-Guanajuato--2013-05-29 0.99 A-swine-Mexico-AVX-54-2013-H1N1--Mex-Aguascalientes--2013-05-30 A-swine-Mexico-AVX-14-2012-H3N2--Mex-Jalisco--2012-01-26 1 A-swine-Mexico-AVX-57-2013-H3N2--Mex-Yucatan--2013-06-21 1 A-swine-Mexico-AVX-60-2013-H3N2--Mex-Jalisco--2013-09-30 A-swine-Mexico-AVX-9-2010-H1N1--Mex-Jalisco--2010-03-25 A-swine-Mexico-AVX-3-2011-H1N1--Mex-Jalisco--2011-03-18 1 A-swine-Mexico-AVX-17-2011-H1N2--Mex-Jalisco--2011-03-18 A-swine-Mexico-AVX-6-2011-H1N2--Mex-Jalisco--2011-03-18 A-swine-Mexico-AVX-5-2011-H1N2--Mex-Jalisco--2011-03-18 A-swine-Mexico-AVX-8-2011-H1N2--Mex-Jalisco--2011-03-18 1 A-swine-Mexico-AVX-7-2011-H1N2--Mex-Jalisco--2011-03-18 A-swine-Mexico-AVX-18-2012-H1N2--Mex-Jalisco--2012-03-13 A-swine-Mexico-AVX-44-2012-H1N1--Mex-Guanajuato--2012-11-26 A-swine-Mexico-AVX-39-2012-H1N1--Mex-Guanajuato--2012-11-15 A-swine-Mexico-AVX-46-2012-H1N1--Mex-Guanajuato--2012-12-19 A-swine-Mexico-AVX-45-2012-H1N1--Mex-Guanajuato--2012-12-19 A-swine-Mexico-AVX-43-2012-H1N1--Mex-Guanajuato--2012-11-26 A-swine-Mexico-AVX-27-2012-H1N1--Mex-Guanajuato--2012-08-02 1 0.94 A-swine-Mexico-AVX-16-2012-H1N2--Mex-Jalisco--2012-03-04 A-swine-Mexico-AVX-4-2011-H1N2--Mex-Jalisco--2011-03-18 A-swine-Mexico-AVX-13-2012-H3N2--Mex-Jalisco--2012-01-05 A-swine-Mexico-AVX-19-2012-H3N2--Mex-Guanajuato--2012-06-22 0.94 A-swine-Mexico-AVX-26-2012-H1N2--Mex-Guanajuato--2012-06-22 A-swine-Mexico-AVX-20-2012-H?--Mex-Guanajuato--2012-06-03
!"#$%&'"&()&"*(+,%-(./0(1234 511426(7(511829(
1
1
A-swine-Mexico-AVX-47-2013-H1N1--Mex-Puebla--2013-01-08 A-swine-Mexico-AVX-64-2014-H3N2--Mex-Puebla--2014-06-05
1
0.99
0.98
1
1
1
1
!"#
1
1
1
1
0.97
0.98 1
1
1
1
1980
1990
2000
2010
2020
