HLA Twin Workshop ASHI 2015 Basic

Agenda   § 

Introduc)on  to  

and  to   (15  mins)  

§ 

Hands  on  workflows  in  HLA  Twin  (45  mins)   §  Ini)ate  an  Analysis   §  Interprete  3  different  sampes   §  Good  result   §  Inspec)on  required   §  Failed  sample  

§  Create  a  PDF  report   § 

Ques)ons  -­‐  just  put  your  hand  up  –  we’ll  be  right  over!  

Introduc.on  to  Holotype  HLA™   Holotype  HLA  is  a  combina)on  Assay  and  SoRware  product  for   the  comprehensive  gene  amplifica)on  of  mul)ple  HLA  loci,   and  sequencing  on  the  Illumina  MiSeq.  

NGS  Assay                                        +                                NGS  SoRware  

Omixon  Holotype  HLA  –  7  loci  (Assay)   7  loci  –  HLA-­‐A,  B,  C,  DRB1,  DPB1,  DQA1  and  DQB1  

§ 

X2  –  24/7  

§ 

X2  –  96/7  

§ 

24  Indexes  

§ 

96  Indexes  

§ 

8-­‐24  samples  per  run  

§ 

32-­‐96  samples  per  run  

Fully  pooled  (per-­‐sample  indexing)   2  genotyping  algorithms  

Omixon  HLA  Twin™  (SoGware)   § 

SoRware  component  of  Holotype  HLA  

§ 

Automated  genotyping  aRer  MiSeq  run  

§ 

Preconfigured  Holotype  HLA-­‐specific  sebngs  

§ 

Two  algorithms  for  determining  HLA  genotypes   –  Consensus  Genotyping  (Assembly)     –  Sta)s)cal  Genotyping  (Alignment  to  IMGT/HLA)  

§ 

Traffic  light  system  for  data  interpreta)on  and  workflow   management  

The  Traffic  Light  System  

Implementa.on  HLA  Twin  

UPDATE  

UPDATE  

Summary  cards  

UPDATE  

View  bufon  

UPDATE  

UPDATE  

Sample  Details  

UPDATE  

Browse  Alignment  

UPDATE  

Naviga)on  bufons  

3  Hands-­‐on  Workflows  in  Twin     §  Ini)ate  an  Analysis   §  Interprete  3  different  sampes   § Good  result   § Inspec)on  required   § Failed  sample  

§  Create  a  PDF  report